El sorteo de la Copa Sudamericana, en su edición 2016, se lleva a cabo en la ciudad de Santiago de Chile, en el Centro de Eventos Espacio Riesco. Allí, 47 equipos de 10 países conocerán a los rivales que les tocará enfrentar en el torneo.
Estos serán los enfrentamientos de primera y segunda fase
Primera fase
| Zona Sur | |
| Llave 1 | Fénix (URU) vs. Cerro Porteño (PAR) |
| Llave 2 | Sportivo Luqueño (PAR) vs. Peñarol (URU) |
| Llave 3 | Universidad de Concepción (CHI) vs. Bolívar (BOL) |
| Llave 4 | Real Potosí (BOL) vs. Universidad Católica (CHI) |
| Llave 5 | Blooming (BOL) vs. Plaza Colonia (URU) |
| Llave 6 | Sol de América (PAR) vs. Wilstermann (BOL) |
| Llave 7 | Montevideo Wanderes (URU) vs. O'Higgins (CHI) |
| Llave 8 | Palestino (CHI) vs. Libertad (PAR) |
| Zona Norte | |
| Llave 9 | Universitario de Deportes (PER) vs. Emelec (ECU) |
| Llave 10 | Aucas (ECU) vs. Real Garcilaso (PER) |
| Llave 11 | Deportivo Lara (VEN) vs. Junior (COL) |
| Llave 12 | Deportes Tolima (COL) vs. Deportivo La Guaira (VEN) |
| Llave 13 | Barcelona (ECU) vs. Zamora (VEN) |
| Llave 14 | Independiente de Medellín (COL) vs. U. Católica (ECU) |
| Llave 15 | Deportivo Anzoátegui (VEN) vs. Sport Huancayo (PER) |
| Llave 16 | Deportivo Municipal (PER) vs. Atlético Nacional (COL) |
Segunda fase
| Llave 1 | Sol de América (PAR)/Wilstermann (BOL) vs. Deportivo Anzoátegui (VEN)/Sport Huancayo (PER) |
| Llave 2 | Fénix (URU)/Cerro Porteño (PAR) vs. Real Potosí (BOL)/Universidad Católica (CHI) |
| Llave 3 | Blooming (BOL)/Plaza Colonia (URU) vs. Deportivo Lara (VEN)/Junior (VEN) |
| Llave 4 | Aucas (ECU)/Real Garcilaso (PER) vs. Palestino (CHI)/Libertad (PAR) |
| Llave 5 | Universidad de Concepción (CHI)/Bolívar (BOL) vs Deportivo Municipal (PER)/Atlético Nacional (COL) |
| Llave 6 | Independiente de Medellín (COL)/U. Católica (ECU) vs. Sportivo Luqueño (PAR)/Peñarol (URU) |
| Llave 7 | Deportes Tolima (COL)/Deportivo La Guaira (VEN) vs. Universitario de Deportes (PER)/Emelec (ECU) |
| Llave 8 | Barcelona (ECU)/Zamora (VEN) vs. Montevideo Wanderes (URU)/O'Higgins (CHI) |
| Llave 9 | Cuiabá vs. Brasil 3 |
| Llave 10 | Brasil 7 vs. Sport Recife |
| Llave 11 | Brasil 6 vs. Brasil 4 |
| Llave 12 | Brasil 5 vs. Brasil 2 |
| Llave 13 | Lanus (ARG) vs. Independiente (ARG) |
| Llave 14 | Banfield (ARG) vs. San Lorenzo (ARG) |
| Llave 15 | Estudiantes vs. Belgrano (ARG) |
Octavos de Final
| Ganador Llave 10 vs. Ganador Llave 6 |
| Ganador Llave 2 vs. Independiente Santa Fe (último campeón) |
| Ganador Llave 5 vs. Ganador Llave 1 |
| Ganador Llave 15 vs. Ganador Llave 11 |
| Ganador Llave 7 vs. Ganador Llave 14 |
| Ganador Llave 12 vs. Ganador Llave 4 |
| Ganador Llave 9 vs. Ganador Llave 13 |
| Ganador Llave 3 vs. Ganador Llave 8 |
| 07:11 pm. | Da sus palabras el presidente de la Conmebol, Alejandro Domínguez |
| 07:05 pm. | El estrado listo para que empiece el sorteo |
| 07:01 pm. | Copa Sudamericana 2016: Inicia el sorteo desde la ciudad de Santiago en Chile con un vídeo que muestra a todos los campeones del torneo |
¿Cómo será el sorteo de la Copa Sudamericana?
Antes de explicar la dinámica del sorteo es importante aclarar que en la primera fase de la Copa Sudamericanan se enfrentarán los 32 equipos clasificados de los 8 países miembros de la CONMEBOL, a excepción de Brasil y Argentina en partidos eliminatorios de ida y vuelta.
Los 16 ganadores de estas llaves chocarán en la segunda fase entre sí. Por sorteo, quedarán definidos los cruces eliminatorios. Para determinar las llaves de la primera fase, que se establecerán por sorteo, se dividieron a los ocho países en dos zonas:
Sur: integrada por los cuatro representativos de cada una de las Asociaciones de Chile, Uruguay, Paraguay y Bolivia.
Norte: compuesta por los cuatro equipos de las Asociaciones de Colombia, Ecuador, Perú y Venezuela.
En primer lugar se procederá a definir los cruces de la zona sur entre los equipos clasificados en cuarto lugar en sus países, que rivalizarán con los primeros. Luego los equipos clasificados en tercer lugar, lo harán ante los segundos. Posteriormente se determinarán los cruces de los equipos de la zona norte, bajo el mismo procedimiento anterior.
En esta fase no podrán cruzarse equipos de un mismo país. Si esto se produce, el ultimo equipo que hubiere resultado seleccionado ocupara automáticamente el siguiente casillero de acuerdo a su posición, y se sorteará nuevamente para definir un rival de otra federación en ambos casos. Los clubes clasificados en tercer y cuarto Lugar en sus asociaciones serán locales en el partido de ida.
En esta etapa del sorteo habrá cuatro bolilleros que serán distribuidos de la siguiente manera: el primero contendrá a los ganadores resultantes de la primera fase (determinados con la letra "g" y un número en el cuadro anterior). En esta etapa, si el sorteo así lo determina, podrán enfrentarse equipos de una misma Asociación.
En el segundo copón estarán los equipos de Brasil 1, 2, 3 y 4 a fin de sortearlos para enfrentarse a los equipos de Brasil 5, 6, 7 y 8 ya sembrados. En el tercer copón estarán los equipos de argentina 1, 2 y 3, a fin de sortearlos para enfrentarse a los equipos de Argentina 4, 5 y 6 ya sembrados.
En el último bolillero, se encontraran las bolillas que definirán la posición de los 15 ganadores de las llaves de la segunda fase, más el vigente campeón Independiente Santa Fe, a partir de octavos de final. Estas bolillas estarán compuestas por la letra "O" y los números del 1 al 16.
Los 47 clasificados a la Copa Sudamericana
| Argentina (6) | San Lorenzo, Independiente, Banfield, Estudiantes de La Plata, Belgrano, Lanús. |
| Bolivia (4) | Bolívar, Jorge Wilstermann, Blooming, Real Potosí. |
| Brasil (8) | Sport Recife, Brasil 2, Brasil 3, Brasil 4, Brasil 5, Brasil 6, Brasil 7 y Cuiabá. NR. Flamengo está clasificado, pero aún no se sabe qué plaza ocupará |
| Chile (4) | Universidad Católica, O'Higgins, Palestino, Universidad de Concepción. |
| Colombia (5) | Independiente Santa Fe (actual campeón vigente), Junior, Atlético Nacional, Independiente Medellín, Deportes Tolima. |
| Ecuador (4) | Emelec, Universidad Católica, Barcelona, Aucas. |
| Paraguay (4) | Cerro Porteño, Libertad, Sol de América, Sportivo Luqueño. |
| Perú (4) | Real Garcilaso, Sport Huancayo, Deportivo Municipal, Universitario. |
| Uruguay (4) | Peñarol, Plaza Colonia, Montevideo Wanderers, Fénix |
| Venezuela (4) | Deportivo La Guaira, Zamora, ACD Lara y Deportivo Anzoátegui. |
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